據指出，基北區十二年國教超額比序的順序為：第一關比總積分(志願序級分、多元學習表現與國中會考積分)，第二關比多元學習表現總積分，第三關比會考成績(先比總分、再依序比國、數、英、社、自、寫作測驗)，第四關比志願序，仍有同分時，第五關比會考成績標示。

其中志願序的積分換算，可能改為每個志願相差1分。基北區原規畫前十志願中，填第一志願與第二志願相差3分，有家長擔心志願沒填好，會變成「高分低就」，心測中心也建議改為相差1分，爭議較小。

明年免試入學的志願數，比基測登記分發可填的80個志願數少很多，會不會因此沒錄取？台北市教育局官員指出，明年基北區考生每人可填30個志願，但志願是以校為單位，同一所高職的所有科都可以填，但只算一個志願。例如，有考生選大安高工為第一志願，且選了電機科和汽修科，兩科的積分都是30分。

高雄區103年免試入學，每人最多可填7個志願，也是以校為單位。高雄市教育局長鄭新輝表示，如果考生志在讀高中，最多可填7志願，如果志在高職，每校有10科，最多可填72 個科別，每校志願序的分數差距都各差2分。

高雄區的超額比序也會比會考成績三等級四標示，但會換算成7(A++)、6(A+)、5(A)、4(B++)、3(B+)、2(B)、1(C)。鄭新輝表示，這是因為電腦在計算總積分時，無法用輸入A++來計分，因此要轉換加權。